ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่ต้องการความเสถียรภาพต่อเอนไซม์ย่อยสลาย เนื่องจากหมู่ alpha-methyl และโครงสร้าง D-amino acid ช่วยป้องกันการถูกย่อยสลายได้ดี หมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันปลายอะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยไม่กระทบต่อกลุ่ม Boc ที่ป้องกันหมู่ด้านข้างของโอร์นิทีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับงานวิจัยด้านชีวเคมีและพัฒนายาที่ต้องการเปปไทด์สังเคราะห์ที่มีความจำเพาะและทนต่อการสลายตัวในร่างกาย