ใช้ Fmoc-Alaninol เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เนื่องจากมีหมู่ Fmoc ที่ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน เช่น ใช้พิเพอริดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังนิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม สำหรับสร้างสารตัวอย่าง (peptide libraries) หรือพัฒนายาที่มีโครงสร้างเปปไทด์เป็นองค์ประกอบหลัก เนื่องจากให้ผลดีในด้านความบริสุทธิ์และอัตราการเกิดปฏิกิริยา ยังสามารถนำไปใช้ปรับแต่งโมเลกุลในระบบ drug delivery หรือ conjugation กับโปรตีนและโมเลกุลอื่น ๆ เพื่อเพิ่มคุณสมบัติด้านการละลายตัว หรือเสถียรภาพของสารออกฤทธิ์