ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาที่มีโครงสร้างเบนซีนนำร่อง ซึ่งมีหมู่ฟลูออรีนและไตรฟลูออร์เมทิลที่ตำแหน่งเฉพาะ ทำให้มีคุณสมบัติในการละลายในไขมันดี และสามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ง่าย จึงนิยมใช้ในยาที่ต้องออกฤทธิ์ภายในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาต้านการอักเสบ ยาต้านจุลชีพ และสารที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยเพิ่มความจำเพาะต่อเป้าหมายของยาและลดผลข้างเคียง