ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในยาที่ต้องการฤทธิ์เฉพาะที่หรือการปรับโครงสร้างของโมเลกุลให้มีความคงตัวมากขึ้น โครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการดูดซึมและลดการสลายตัวในร่างกาย ทำให้สารนี้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะในกลุ่มยาต้านจุลชีพ ยาต้านการอักเสบ และยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารนำร่องที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพสูง