ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ หรือสารยับยั้งเอนไซม์ เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนหรือไฮดรอกซิลได้ดี ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างพันธะโควาเลนต์ในโมเลกุลซับสเตรต นอกจากนี้ยังใช้เป็นรีเอเจนต์ในปฏิกิริยาอะซิลเลชันหรือการสร้างซัลโฟนามายด์ ซึ่งมีความสำคัญในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีเฉพาะทาง