ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์อย่างแข็ง (solid-phase peptide synthesis) โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หรือหมู่ฟังก์ชันอื่น ๆ โครงสร้างที่มีหมู่เมทิลที่ตำแหน่ง 2 และ 6 บนวงแหวนฟีนิล ช่วยเพิ่มความคงตัวและลดการเกิดปฏิกิริยาข้างเคียงในระหว่างการสังเคราะห์ ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีความเฉพาะเจาะจงสูง เช่น เปปไทด์ที่ใช้ศึกษาการทำงานของเอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์