ใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตสารกำจัดศัตรูพืช โดยเฉพาะยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์และเสถียรภาพของสารเคมี นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพในภาคการเกษตร นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนายาในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะยาที่ต้องการความจำเพาะสูงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนและไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยปรับปรุงการดูดซึมและการคงอยู่ของสารในร่างกาย