ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในระบบสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เพื่อทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่ฟังก์ชันที่ต้องการ ช่วยป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์ โครงสร้างที่มีหมู่ Fmoc ทำให้สามารถถอดป้องกันได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน เช่น โดยใช้เพiperidine ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว และควบคุมลำดับของเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการพัฒนายาหรือสารชีวโมเลกุลที่ต้องการความบริสุทธิ์สูง