ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยของกรดอะมิโนที่มีหมู่ฟังก์ชันพิเศษ ซึ่งหมู่ Fmoc จะทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ และสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน ๆ เพื่อให้เกิดการสร้างพันธะเปปไทด์ต่อไปได้ โครงสร้างที่มีหมู่เมท็อกซีบนวงเบนซีนช่วยเพิ่มคุณสมบัติในการละลายตัวหรือการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพในบางกรณี นิยมใช้ในการวิจัยสารประกอบใหม่ที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง เช่น สารยับยั้งเอนไซม์ หรือลิแกนด์สำหรับตัวรับโปรตีน