ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการผลิตยา โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และเพิ่มความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อพัฒนาสารนำร่อง (lead compound) สำหรับการออกแบบยาใหม่ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสร้างสารฟลูออรีน-ดีดุ๊ย (fluorinated derivatives) ที่มีความเสถียรและฤทธิ์ทางชีวภาพสูง