ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) โดยเฉพาะในกรณีที่ต้องการป้องกันหมู่ไซเมทิลของกรดซิสทีอีนไม่ให้เกิดปฏิกิริยาในระหว่างการสังเคราะห์ กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันปลายอะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยไม่กระทบต่อกลุ่ม Boc-methyl ที่ป้องกันหมู่ไซเมทิล ทำให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่มีซิสทีอีนในรูปที่เสถียรและควบคุมการเกิดพันธะไดซัลไฟด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการผลิตเปปไทด์เชิงซ้อนที่ต้องการโครงสร้างสามมิติเฉพาะ เช่น ฮอร์โมน หรือโปรตีนยีนบำบัด