ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่มระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ โครงสร้างฟลูออรีนธิโอโครเมนอนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับกับเป้าหมายในยาที่มีศักยภาพ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ทางชีวภาพ (SAR) เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ในโครงสร้าง heterocyclic นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งเอนไซม์แบบเลือกสรรและลิแกนด์ตัวรับ โดยการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุง bioavailability และความเลือกสรรต่อเป้าหมาย