ใช้เป็นสารตั้งต้นในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์และสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก หน้าที่ของไอโอดีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling) ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่ติดรังสีสำหรับการถ่ายภาพทางการแพทย์ เนื่องจากไอโอดีนสามารถแทนที่ด้วยไอโซโทปกัมมันตรังสีได้ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการแทนที่ไอโอดีนด้วยหมู่ฟังก์ชันอื่น เช่น การทำปฏิกิริยากับสารประกอบออร์กาโนเมทัลลิก เพื่อสร้างโครงสร้างไซคลิกที่ซับซ้อน นิยมใช้ในงานวิจัยและพัฒนาสารชีวภาพหรือยาที่มีโครงสร้างเป็นเฮเทอโรไซคลิก