ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวกลางสำหรับยาและเคมีภัณฑ์ละเอียด โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ หน้าที่ของไอโอดีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม ซึ่งช่วยในการสร้างระบบอะโรมาติกและเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาโรคสำหรับการปรับโครงสร้างเบสโครมันที่มีศักยภาพต้านอนุมูลอิสระหรือกิจกรรมเอสโตรเจน ยังใช้ในงานศึกษาการติดฉลากรังสีและเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์โพรบเรืองแสง