ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและโพลิเมอร์ที่มีการฟังก์ชันนาไลซ์ หมู่ไอโอดีนช่วยให้สามารถแทนที่ได้ง่ายในปฏิกิริยานิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นิยมใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่ติดรังสีสำหรับการถ่ายภาพทางการแพทย์ เนื่องจากไอโอดีนสามารถแทนที่ด้วยไอโซโทปกัมมันตภาพรังสีได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุลและในการสังเคราะห์อนุพันธ์โครนอีเทอร์สำหรับการรับรู้และตรวจจับไอออน