ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตมีความตอบสนองทางเคมีสูง หมู่ trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความ lipophilic และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งแบบ covalent ที่หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรกับหมู่ nucleophilic ของกรดอะมิโนในโปรตีนเป้าหมาย นอกจากนั้นยังเป็นสารประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบ heterocyclic ที่มีศักยภาพทางชีวภาพ