ใช้เป็นบล็อกสร้างที่มีคีรอลในการสังเคราะห์เปปไทด์และเภสัชภัณฑ์ L-alanine benzyl ester hydrochloride มีบทบาทสำคัญในการป้องกันหมู่คาร์บอกซิลิกแอซิดระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์ กลุ่มเอสเตอร์เบนซิลของมันสามารถถูกกำจัดได้ง่ายภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบมีขั้นตอนทั้งเฟสแข็งหรือเฟสละลาย ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งเอนไซม์ ยาปฏิชีวนะเบต้า-แลคตาม และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ที่การควบคุมสเตอริโอเคมีมีความสำคัญ เนื่องจากคุณสมบัติความเสถียรและความละลาย มันถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์ขนาดอุตสาหกรรมของโมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อนที่ต้องการอนุพันธ์กรดอะมิโน