เมธิล ไอโซธัยโอไซยาไนเดต ถูกใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในดิน โดยเฉพาะในการควบคุมหนอนไส้เดือนฝอย ซึ่งเป็นปัญหาสำคัญในพืชผัก ไม้ผล และพืชไร่ สารนี้สามารถระเหยในดินและกระจายตัวได้ดี ทำให้ช่วยลดประชากรของศัตรูพืชในดินก่อนการปลูกพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการควบคุมเชื้อราและวัชพืชบางชนิด โดยทั่วไปจะฉีดหรือฉีดพ่นลงในดินก่อนการปลูก และปิดด้วยพลาสติกเพื่อป้องกันการระเหย ทำให้สารออกฤทธิ์ได้เต็มที่ อย่างไรก็ตาม ต้องใช้ด้วยความระมัดระวังเนื่องจากเป็นสารพิษและอาจเป็นอันตรายต่อผู้ใช้และสิ่งแวดล้อมหากจัดการไม่เหมาะสม