ใช้เป็นตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งไคเนสสำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของสารช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างเลือกสรรในการออกแบบยา เพิ่มความสามารถในการจับกับโปรตีนเป้าหมาย ใช้กันทั่วไปในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยที่วงแหวนโมร์โฟลีนช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความสะดวกในการจัดการและปฏิกิริยาในการจับคู่ระหว่างการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน