ใช้เป็นสารเคมีป้องกัน (protecting group reagent) ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับแอลกอฮอล์และฟีนอล หมู่เมทิลไทโอเมทิล (MTM) สามารถนำเข้าได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยนและมีความเสถียรภายใต้สภาวะการตอบสนองที่หลากหลาย มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสังเคราะห์แบบหลายขั้นตอนที่ต้องการการป้องกันและถอดป้องกันแบบเลือกเพศ การถอดป้องกันทำได้โดยทั่วไปภายใต้สภาวะกรดอ่อนหรือใช้เกลือโลหะหนัก ช่วยให้สามารถปล่อยหมู่ฟังก์ชันที่ป้องกันไว้ได้อย่างควบคุม มีประโยชน์ในการเคมีเปปไทด์และคาร์โบไฮเดรต ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์ยาและผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ