สาร 3-เมทอกซีโมลลูกินิน มีการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาฤทธิ์ต้านการอักเสบและฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระ ช่วยยับยั้งการทำงานของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบเรื้อรัง เช่น NF-κB และลดการสร้างไซโตไคน์ที่ก่อให้เกิดการอักเสบ ทำให้มีศักยภาพในการพัฒนาเป็นสารนำสำหรับยารักษาโรคเรื้อรังที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ เช่น โรคข้ออักเสบ หรือโรคเบาหวานชนิดที่ 2 นอกจากนี้ ยังช่วยสนับสนุนสุขภาพตับและแสดงฤทธิ์ต้านไวรัส โดยเฉพาะต่อไวรัสตับอักเสบบี

สารนี้ยังแสดงฤทธิ์ต้านการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งในระดับเซลล์ โดยเฉพาะเซลล์มะเร็งเต้านมและมะเร็งตับ ซึ่งกลไกอาจเกี่ยวข้องกับการเหนี่ยวนำให้เกิดการตายของเซลล์แบบโปรแกรม (apoptosis) และการยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์ผ่านการควบคุมไซคลินและไซคลิน-ดีพีนเดนต์ไคเนส

เนื่องจากมีโครงสร้างเป็นสารประกอบฟีนอลิกที่มีหมู่เมทอกซี จึงมีศักยภาพในการเป็นสารต้านอนุมูลอิสระ ช่วยป้องกันความเสียหายของเซลล์จากอนุมูลอิสระ ซึ่งเป็นปัจจัยเสี่ยงต่อโรคเรื้อรังต่าง ๆ จึงมีความน่าสนใจในการนำไปใช้ในผลิตภัณฑ์เสริมอาหารหรือเครื่องสำอางที่เน้นการปกป้องผิวจากริ้วรอยและวัยชรา