ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบและโรคมะเร็ง โครงสร้างที่มีวงแหวนธีโนพิริไมดีนทำให้มีศักยภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพสูง จึงนิยมนำมาใช้ในงานวิจัยด้านยาใหม่ที่ต้องการความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวโมเลกุล นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารกลางในการสร้างอนุพันธ์ที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพและต้านไวรัสในห้องปฏิบัติการ