ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา เช่น การผลิตสารต้านเชื้อรา หรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากหมู่ 1,3-ดิออกซอลานช่วยป้องกันหมู่คาร์บอนิลระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ภายหลังเมื่อต้องการ เป็นสารกลางที่สำคัญในปฏิกิริยาหลายขั้นตอน โดยเฉพาะในสังเคราะห์สารที่มีโครงสร้างอิมิทาโซลซึ่งพบในยาหลายชนิด