ใช้ในงานวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์เป็นหลัก โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง สารนี้จึงถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาโมเดลการออกฤทธิ์ของสารยับยั้งเอนไซม์ เช่น เอนไซม์ kinase ซึ่งเกี่ยวข้องกับเส้นทางสัญญาณในเซลล์