ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานเป็นซัลโฟนาไมด์ หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับอะมีนได้สะดวก ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้กันทั่วไปในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการสร้างตัวยับยั้งคินาสและการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากความสามารถในการเพิ่มการจับตัวโมเลกุลและความเสถียร รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยปรับปรุงความละลายและการจัดการในตัวทำละลายน้ำและตัวทำละลายอินทรีย์ขั้ว поляร ทำให้กระบวนการปฏิกิริยาในสังเคราะห์หลายขั้นตอนราบรื่นยิ่งขึ้น