ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีพื้นฐานจากเบนซิมิดาโซลซึ่งมีฤทธิ์ต้านปรสิต ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง หมู่คาร์บอนิลคลอไรด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับอะมีนหรือแอลกอฮอล์ได้อย่างง่ายดาย ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้กันอย่างแพร่หลายในสถานที่วิจัยเพื่อเตรียมสารประกอบชีวภาพที่ออกฤทธิ์และลิแกนด์ที่ถูกฟังก์ชันนาไลซ์สำหรับเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างตัวยับยั้งเอนไซม์ เนื่องจากแกนเบนซิมิดาโซลมีความสัมพันธ์กับเป้าหมายทางชีวภาพ