ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาเนื่องจากมีกลุ่มคีโตนที่ทำปฏิกิริยาได้และมีวงแหวนเมทอกซิพิริมิดีน ซึ่งช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมยาต้านเนื้องอกและยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น