Markogenin ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาสเตียรอยด์ มีบทบาทในการพัฒนายาต้านการอักเสบ ยาฮอร์โมน และยาคุมกำเนิด เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับฮอร์โมนสเตียรอยด์ตามธรรมชาติ การดัดแปลงโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถผลิตสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่กำหนดเป้าหมายได้ โดยเฉพาะในการปรับสมดุลภูมิคุ้มกันและฮอร์โมน นอกจากนี้ สารประกอบที่อิงจาก markogenin ยังถูกศึกษาเพื่อคุณสมบัติต้านมะเร็ง โดยเฉพาะในมะเร็งที่เกี่ยวข้องกับฮอร์โมน เช่น มะเร็งเต้านมและมะเร็งต่อมลูกหมาก นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อสำรวจโมเลกุลชีวภาพใหม่และความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมในเคมีสเตียรอยด์