ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโน L-ทริปโตเฟนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ที่มีความเลือกเพศและมีประสิทธิภาพ กลุ่ม fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) ให้การป้องกันที่แข็งแกร่งต่อกลุ่มแอมิโนอัลฟา ทำให้คงความเสถียรระหว่างการสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง ขณะที่สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน การนำไปใช้มีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบขั้นตอน โดยเฉพาะในเครื่องสังเคราะห์อัตโนมัติ

ไนโตรเจนของวงแหวนอินโดลในส่วนข้างของทริปโตเฟนได้รับการป้องกันด้วยกลุ่ม (tert-butoxy)-2-oxoethyl (เอสเตอร์เทอร์ต-บิวทิลของคาร์บ็อกซิเมทิล) ซึ่งป้องกันวงแหวนอินโดลที่อ่อนไหวจากออกซิเดชันและการโจมตีจากอิเล็กโทรไฟล์ การป้องกันส่วนข้างนี้ให้ความเสถียรแบบออร์โธกอนัล โดยไวต่อกรด ในขณะที่เข้ากันได้กับกลุ่มที่ไวต่อเบส เช่น Fmoc ช่วยให้ถอดการป้องกันแบบเลือกเพศในลำดับขั้นตอนหลายขั้น

กลยุทธ์การป้องกันแบบคู่ (Fmoc บนแอมิโนและเอสเตอร์คาร์บ็อกซิเมทิลเทอร์ต-บิวทิลบนอินโดล) ทำให้สารประกอบนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีทริปโตเฟน โดยควบคุมปฏิกิริยาส่วนข้างเพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์

เนื่องจากวงแหวนอินโดลในทริปโตเฟนมีความอ่อนไหวโดยธรรมชาติ สารตัวนี้ช่วยลดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการยืดห่วงโซ่ จึงได้รับความนิยมในการผลิตเปปไทด์เภสัชกรรม โมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ และโปรตีนเกรดวิจัยที่ต้องการความบริสุทธิ์สูงและการพับตัวที่ถูกต้อง