ใช้ในทางการแพทย์เพื่อต่อต้านปรสิตโดยเฉพาะพวกโปรโตซัว เช่น พลาสโมดีอัม ที่ก่อให้เกิดโรคมาลาเรีย มีฤทธิ์ในการยับยั้งการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิตพวกนี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังถูกศึกษาเพื่อใช้เป็นสารต้านเชื้อแบคทีเรียบางชนิด โดยเฉพาะเชื้อที่ดื้อยาหรือมีผนังเซลล์ซับซ้อน นันชางไมซินจึงมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นยารักษาโรคติดเชื้อที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะทั่วไป