เอ็น-เอฟม็อก-แอล-ธรีโอนินอล ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งในฐานะบล็อกก่อสร้างอะมิโนแอลกอฮอลที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้การรวมเข้าแบบเลือกเพศที่ปลายซี-เทอร์มินัสหรือเป็นตัวคั่นในโซ่เปปไทด์ กลุ่มเอฟม็อกช่วยให้การถอดป้องกันภายใต้สภาวะเบสอ่อน สอดคล้องกับกลยุทธ์ป้องกันข้างโซ่แบบออร์โธกอนัลหลากหลาย มีชื่อเสียงในด้านความเสถียรและการรักษาความสมบูรณ์ทางสเตอริโอเคมี ใช้อย่างแพร่หลายในการประกอบเปปไทด์ซับซ้อน กไลโคเปปไทด์ และคอนจูเกตเปปไทด์ จำเป็นสำหรับการผลิตเภสัชภัณฑ์ฐานเปปไทด์ โพรบชีวเคมี และเครื่องมือวิจัยขั้นสูงที่ต้องการการปรับโครงสร้างอย่างแม่นยำ