ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ มักใช้ในการนำกลุ่มนิโคตินอยล์เข้าสู่โมเลกุล เพื่ออำนวยความสะดวกในการก่อตัวของอะไมด์และเอสเตอร์ในกระบวนการพัฒนายา ความตอบสนองของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อนุพันธ์ของไนอะซิน (วิตามินบี3) และในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพทางเมแทบอลิซึมหรือกิจกรรมทางระบบประสาท ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและโพลิเมอร์พิเศษที่ต้องการโครงสร้างพื้นฐานไพรีดีน นิโคตินอยล์คลอไรด์ไฮโดรคลอไรด์ทำหน้าที่เป็นตัวทำให้เกิดปฏิกิริยาอะซิลเลชันได้อย่างมีประสิทธิภาพ จึงนิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลที่ต้องการโครงสร้างเฉพาะในห้องปฏิบัติการและอุตสาหกรรมเภสัชกรรม