ใช้รักษาอาการของโรคต่อมลูกหมากโตซึ่งทำให้เกิดปัญหาการปัสสาวะ เช่น การปัสสาวะบ่อย ปัสสาวะลำบาก หรือปัสสาวะไม่สุด โดยนาฟโทพิดิลช่วยผ่อนคลายกล้ามเนื้อเรียบบริเวณต่อมลูกหมากและท่อปัสสาวะ ทำให้การไหลของปัสสาวะดีขึ้น เป็นยาที่ออกฤทธิ์เป็นตัวต้านรับรู้แบบอัลฟา-1ดี (alpha-1D receptor antagonist) จึงช่วยลดแรงต้านขณะปัสสาวะได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักใช้ในผู้ป่วยชายที่มีอาการจากภาวะต่อมลูกหมากโตแบบไม่เป็นมะเร็ง