ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่ต้องการส่วนของอะมิโนอัลไคิลเพอเพอร์ราซีนที่ได้รับการป้องกัน โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเฉพาะได้ในปฏิกิริยาหลายขั้นตอน ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งไคเนส สารต้านไวรัส และยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) เนื่องจากวงแหวนเพอเพอร์ราซีนมีคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดี กลุ่มอะมีนที่ป้องกันด้วย Boc ช่วยให้ความเสถียรระหว่างปฏิกิริยาและสามารถถูกถอดการป้องกันภายใต้สภาวะกรดอ่อนเพื่อปล่อยอะมีนอิสระสำหรับการจับคู่ต่อไป นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและโพลิเมอร์พิเศษที่ต้องการบล็อกก่อสร้างที่มีไนโตรเจนแบบปรับแต่ง