ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการทำเครื่องหมายหรือติดฉลากโปรตีนหรือเปปไทด์ เนื่องจากหมู่มาเลไมด์สามารถทำปฏิกิริยากับหมู่ไทออล (-SH) ของกรดอะมิโนไซสทีนได้อย่างจำเพาะและมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการเชื่อมต่อโมเลกุลต่าง ๆ เช่น ฟลูออเรสเซนต์ดาย หรือโมเลกุลที่มีขนาดเล็ก (small molecules) เข้ากับโปรตีนเป้าหมาย นิยมใช้ในกระบวนการผลิตแอนติบอดีคอนจูเกต (antibody-drug conjugates: ADCs) หรือการสร้างโปรบชีวภาพ (biological probes) สำหรับติดตามการทำงานของโปรตีนในเซลล์มีชีวิต นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการปรับเปลี่ยนผิวหน้าของนาโนพาร์ติเคิลหรือพื้นผิววัสดุที่ต้องการความจำเพาะต่อโปรตีนหรือเซลล์ เกลือไตรฟลูออโรอะซิเตตช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายน้ำ ทำให้จัดการและใช้งานในสภาวะ aqueous ได้ง่าย โดยเฉพาะในระบบที่ต้องการความเข้ากันได้กับสภาพแวดล้อมทางชีวภาพ