ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาปฏิชีวนะกลุ่มซัลโฟนาไมด์ มีบทบาทในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่สำคัญต่อกิจกรรมต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาโมเลกุลชีวภาพใหม่ เนื่องจากวงแหวนไอโซซอกซาโซลมีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดี