ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งไคเนสสำหรับการรักษามะเร็ง เป็นสารประกอบพื้นฐานในเคมีเภสัชกรรมเนื่องจากแกนพิริมิดีนที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนเพิ่มเติมเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้บ่อยในการเตรียมสารต้านไวรัสและยาต้านการอักเสบ กลุ่มคลอโรและอะมีนช่วยให้เกิดการแทนที่แบบเลือกสรร สามารถออกแบบการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความจำเพาะที่ดีขึ้น