ใช้เป็นหลักเป็นตัวกลางที่ได้รับการป้องกันในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์ที่ซับซ้อนและลำดับอะมิโนที่ถูกดัดแปลง กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ให้การป้องกันที่ย้อนกลับได้ของหน้าที่อะมิโน อนุญาตให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกเพศ ขณะที่ลดปฏิกิริยาข้างเคียง ส่วนของ S-butylhomocysteine นำเสนอโซ่ข้างที่มี thioether ซึ่งมีประโยชน์สำหรับการศึกษาพฤติกรรมอะมิโนกรดที่มีกำมะถัน หรือสำหรับการรวมเข้าไปในตัวยับยั้งเอนไซม์และเปปไทด์ชีวภาพ ใช้กันทั่วไปในเคมีทางการแพทย์เพื่อพัฒนาตัวยับยั้งโปรติเอส และในงานวิจัยชีวเคมีเพื่อสำรวจความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรมในสารประกอบที่อิงเปปไทด์