ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง สารประกอบนี้ช่วยให้สามารถป้องกันกลุ่มอะมีนอย่างเลือกสรรได้ในระหว่างการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถกำจัดสารป้องกันได้อย่างอ่อนโยนภายใต้สภาวะเบส ซึ่งช่วยรักษากลุ่มฟังก์ชันที่ละเอียดอ่อนในโซ่เปปไทด์ โครงสร้างทริปโตเฟนที่ถูกดัดแปลงด้วยการแทนที่ด้วยเมทิลที่ตำแหน่ง 4 เพิ่มความเสถียรและสามารถมีอิทธิพลต่อการกำหนดรูปแบบของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาเปปไทด์ชีวภาพ การวิจัยเภสัชกรรม และการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการพับตัวของโปรตีนและปฏิสัมพันธ์กับตัวรับ ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์และโพรบที่ซึ่งกรดอะมิโนทริปโตเฟนมีบทบาทสำคัญในกิจกรรมทางชีวภาพ