ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา ซึ่งเกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น สารที่ออกฤทธิ์ต่อตัวรับในสมอง หรือสารช่วยปรับการทำงานของระบบประสาท นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในกระบวนการพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง โดยเฉพาะยาที่มีโครงสร้างแบบไซคลิกและต้องการความเป็นอสมมาตรในโมเลกุล ซึ่งโครงสร้าง cis-Octahydro-1H-isoindole ให้รูปร่างสามมิติที่เหมาะสมต่อการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ