เปปติโดไกลแคนเป็นส่วนประกอบโครงสร้างหลักในผนังเซลล์ของแบคทีเรีย โดยให้ความแข็งแรงและความแข็งให้ทนต่อแรงกดดันจากออสโมติก การมีอยู่ของมันทำให้เป็นเป้าหมายหลักสำหรับยาปฏิชีวนะ เช่น เพนิซิลลินและเซฟาโลสปอริน ซึ่งยับยั้งการสังเคราะห์เปปติโดไกลแคน นำไปสู่การแตกของเซลล์และการตายของแบคทีเรีย เนื่องจากโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งพบเฉพาะในแบคทีเรีย เปปติโดไกลแคนจึงถูกจดจำโดยระบบภูมิคุ้มกันของโฮสต์ในฐานะลวดลายโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับพยาธิ (PAMP) ซึ่งกระตุ้นการตอบสนองภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดผ่านตัวรับ เช่น NOD1 และ NOD2 คุณสมบัตินี้ถูกนำมาใช้ในสารเสริมวัคซีนและสารกระตุ้นภูมิคุ้มกันเพื่อเสริมการกระตุ้นภูมิคุ้มกัน นอกจากนี้ เศษส่วนของเปปติโดไกลแคนยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการอักเสบ การโต้ตอบระหว่างโฮสต์-พยาธิ และเส้นทางส่งสัญญาณภูมิคุ้มกัน รวมถึงใช้เป็นตัวช่วยในการแยกหรือตรวจสอบแบคทีเรียในห้องปฏิบัติการ