เปปติโดกลัยแคนเป็นส่วนประกอบหลักของผนังเซลล์แบคทีเรีย ทำหน้าที่ให้ความแข็งแรงและรูปร่างแก่เซลล์ ช่วยป้องกันไม่ให้เซลล์แตกจากความดันออสโมซิส จึงมีความสำคัญต่อการอยู่รอดของแบคทีเรีย ในด้านการแพทย์ เปปติโดกลัยแคนถูกใช้เป็นเป้าหมายของยาปฏิชีวนะหลายชนิด เช่น เพนิซิลลินและเซฟาโลสพอริน ซึ่งทำงานโดยยับยั้งการสร้างเปปติโดกลัยแคน ส่งผลให้ผนังเซลล์ไม่แข็งแรงและทำให้แบคทีเรียตาย นอกจากนี้ เปปติโดกลัยแคนยังมีบทบาทในระบบภูมิคุ้มกันของสิ่งมีชีวิตชั้นสูง โดยสามารถกระตุ้นการอักเสบและระบบภูมิคุ้มกันเมื่อตรวจพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรีย ทำให้มันถูกใช้ในการวิจัยด้านภูมิคุ้มกันและการพัฒนาวัคซีน ในอุตสาหกรรมชีวภาพ เปปติโดกลัยแคนหรืออนุพันธ์ของมันถูกศึกษาเพื่อใช้เป็นสารกระตุ้นภูมิคุ้มกัน (adjuvant) หรือในระบบส่งยาเฉพาะที่ โดยอาศัยคุณสมบัติในการจับกับเซลล์ภูมิคุ้มกันได้ดี