ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายในการออกแบบยา ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบฐานไพรีมีดีนที่โต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์และตัวรับ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับฐานในการสร้างอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์และตัวยับยั้งไคเนส นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยากรใหม่ เนื่องจากความตอบสนองทางเคมีและความเสถียรในเส้นทางสังเคราะห์ที่หลากหลาย โดยอาศัยหมู่อะมีนที่สามารถทำปฏิกิริยากับสารอื่นได้หลากหลาย เช่น การเกิดพันธะไม่อิ่มตัวหรือการสร้างสารประกอบห่วง และโครงสร้างที่มีธาตุโบรมีนช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาแทนที่แบบนิวคลีโอไฟล์ได้ ทำให้เหมาะสำหรับการปรับแต่งโครงสร้างในขั้นตอนการสังเคราะห์ยาใหม่ รวมถึงยาต้านจุลชีพและยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง