สารอาหารสำหรับจุลินทรีย์มีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมสุขภาพของระบบทางเดินอาหาร โดยช่วยสนับสนุนการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ที่ดี เช่น แลคโตแบซิลลัส และไบฟิโดแบคทีเรีย ซึ่งช่วยรักษาสมดุลของไมโครไบโอตาในลำไส้ สารเหล่านี้มักใช้ในผลิตภัณฑ์เสริมอาหาร เครื่องดื่มหมัก และอาหารสำหรับทารก เพื่อเสริมภูมิคุ้มกัน ลดอาการท้องเสียเรื้อรัง และช่วยในการย่อยอาหาร นอกจากนี้ยังมีการนำมาใช้ในสัตว์เลี้ยงและสัตว์เศรษฐกิจเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการดูดซึมสารอาหาร และลดการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร