ใช้ฟอสฟอรัสไตรไอโอไดด์เป็นสารตั้งต้นในการผลิตแอลกอฮอล์ไอโอไดด์ โดยทำปฏิกิริยากับแอลกอฮอล์ในตัวทำละลายอินทรีย์ เช่น เอเทอร์ ซึ่งเป็นวิธีที่นิยมในการเปลี่ยนหมู่ -OH ให้เป็นหมู่ -I สำหรับใช้ในปฏิกิริยาแทนที่นิวคลีโอไฟล์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารลดในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ และใช้เตรียมสารประกอบฟอสฟอรัสอื่นๆ ที่มีความสำคัญในห้องปฏิบัติการ อย่างไรก็ตาม สารนี้ไวต่อความชื้นและไวไฟ จึงต้องใช้ภายใต้สภาวะที่ควบคุมอย่างเข้มงวด