สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวสร้างบล็อก chiral ที่ได้รับการป้องกันสำหรับการนำเข้าส่วนประกอบของกรดอะมิโนที่ถูกดัดแปลงเข้าไปในโซ่เปปไทด์ หมู่อัลไคน์ของมันช่วยให้สามารถใช้ในปฏิกิริยาคลิกเคมี โดยเฉพาะการ cycloaddition ระหว่าง azide-alkyne ที่มีตัวเร่งทองแดง (CuAAC) ซึ่งช่วยให้การ bioconjugation และการติดฉลากเปปไทด์มีประสิทธิภาพ หมู่ Fmoc ให้การป้องกันแบบ orthogonal สำหรับหมู่อะมิโน ทำให้เข้ากันได้กับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) ภายใต้สภาวะเบสอ่อน เนื่องจากโครงสร้างที่แข็งและ stereochemistry ที่กำหนดไว้ มันช่วยปรับเปลี่ยน conformation และความเสถียรของเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนา peptidomimetics และ biomaterials ที่ได้รับการ functionalized