ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบแข็ง (solid-phase synthesis) โดยเฉพาะในการเตรียมสตรนด์ RNA ที่ถูกดัดแปลงสำหรับงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางการแพทย์ ในเครื่องสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์อัตโนมัติ เนื่องจากมีหมู่ฟอสฟอรามิดิทที่ทำหน้าที่เป็นหน่วยเชื่อมต่อในการสร้างพันธะฟอสโฟไดเอสเตอร์ระหว่างนิวคลีโอไทด์ หมู่คุ้มครอง Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy ช่วยป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลไม่ให้ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนที่ไม่ต้องการ และสามารถถอดออกได้ภายหลังด้วยกรดอ่อน ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีความยาวเฉพาะเจาะจง เช่น โอริโกนิวคลีโอไทด์ที่ใช้ในงานวิจัยทางพันธุกรรม การตรวจวินิจฉัยโรค หรือการพัฒนายาแบบเฉพาะเจาะจง เช่น แอนติเซนส์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ siRNA และยาตัวอื่นที่ขึ้นอยู่กับกรดนิวคลีอิก