สารนี้ใช้เป็นตัวป้องกันหมู่ฟังก์ชันอะมิโน (amine protecting group) ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งหมู่ Fmoc (9H-Fluoren-9-ylmethoxycarbonyl) จะช่วยป้องกันไม่ให้หมู่อะมิโนทำปฏิกิริยาในขั้นตอนที่ไม่ต้องการ และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ภายหลังด้วยเบสอ่อน เช่น ไพริดีน หรือแพนเพอรีน โดยไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หรือหมู่ป้องกันอื่น ๆ ที่ไวต่อกรด ทำให้มันเหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะและซับซ้อน นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีศูนย์ไม่สมมาตร (chiral center) ยังช่วยให้สามารถควบคุมความเฉพาะของปฏิกิริยาในขั้นตอนการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ