ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความเฉพาะตัว โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา ทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตัวกลางในการสร้างโครงสร้างไซคลิกที่มีความสำคัญต่อการทำงานของสารชีวภาพ เช่น สารที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์และโมเลกุลขนาดเล็กที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงของสเตอริโอเคมี เนื่องจากมีหมู่ไฮดรอกซิลอิสระและโครงสร้างที่ป้องกันหมู่เอมีนด้วย FMOC ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้แม่นยำ