ใช้ในงานสังเคราะห์สารเคมีที่มีความเฉพาะตัวสูง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา ซึ่งสารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลาง (intermediate) ในการสร้างสารประกอบไซคลิกที่มีโครงสร้างแบบคอรีโอเซเลคทีฟ (chiroselective) ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงต่อเป้าหมายในร่างกาย เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือยารักษาโรคระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเพื่อติดฉลากโปรตีนหรือศึกษาปฏิกิริยาของเอนไซม์ เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่แอมีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการเชื่อมโยงโมเลกุลในระบบชีวภาพ